Tính đến hiện nay, Tổng cục Môi Trường ban hành quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về môi trường QCVN 62-MT:2016/BTNMT. Áp dụng riêng đối với cơ sở chăn nuôi khi xả nước thải ra nguồn tiếp nhận.

Tùy thuộc vào quy mô sản xuất chăn nuôi mà lượng nước và nồng độ ô nhiễm tại các cơ sở sẽ khác nhau. Vì vậy, việc ứng dụng hệ thống xử lý nước thải chăn nuôi của mỗi đơn vị cũng sẽ có sự khác biệt nhất định.